ラキログ LuckyLog

2007年05月25日の日記の概要

excerpt

.

金曜日５限の構造生物学でまさかの課題。

やること自体は延々と足し算と最大値の比較だけだから「余裕だろう」と思っていたら、それがフラグになったようで思わぬ陥穽に嵌められたので憂さ晴らしにここに答えを晒し上げておこうかと思ったが、実はまだ解決していないので、よりいっそうの憂さが溜まるばかり。

出題内容は、アミノ酸配列1：TAKEDASHITAKAとアミノ酸配列2：TERASIGENKIについて、BLOSUM62行列異なるタンパク質間のアミノ酸配列を比較する際の基準となる、置換確率表を用いてGlobal alignmentとlocal alignmentを考え最適化し、その時のpathとscoreを求めること。ただし、ただし、このままだと膨大な組み合わせを考えないといけないのでGlobal alignmentはNeedleman-Wunsch algorithmを、local alignmentはSmith-Waterman algorithmを使うように、とのこと。

Excelのmacroを初めて使ってみたけど、きっと出来ないｗｗｗｗｗｗ

まだPerlのほうが何とかなりそうだ。それ以前に、この広いweb上のどこかに、都合よくこれ専用のCGIが転がっているんじゃないだろうかと疑っていたりもする。

そして、常に脳裡をかすめる雑念がある。

もしかして、programmingするよりも手計算の方が速くないか？ということ。

ただし、やる気はある。なぜなら、よくありがちな、こんなの出来て何の役に立つんだよっていう問いの答えはわかっているからだ。この結果が、protein homology modelingに活かされるということ、類似構造を持つタンパク質の構造予測に用いられるということ、ひいては受容体と薬物の親和性の予測につながり、創薬の前段階である候補化合物を絞り込むことが出来るということ。まさに、有益な研究なのだ。

でも、単調な反復計算は人間のやる作業じゃない。

これ書き終わったらPerlでやり直してみる。